本區位在鹽水溪畔，乾隆以前是在台江內海沿岸，

只有三間小店的村落，故得名。

林爽文之役被焚毀，庄民陳氏舉姓東遷與埔寮曾姓合併，仍稱三崁店。

清同治年間曾與蔦松、鹽行械鬥。

原來的部落所在地已無人居住，現稱三崁店之部落乃為前述埔寮之地。

設於此之舊糖廠，在西元1901年由荷蘭人以古法經營製糖部，

其後再予擴充，1905年又與F.S.D.製糖會社合併，改名為三崁店製糖場。

採用的機器都是當時最新式的，

後來又與台灣製糖株式會社合併，改組為三崁店製糖所。

民國五十八年奉令依所在鄉鎮，改稱為永康糖廠。

如今因台糖公司緊縮製糖業務，擴展其它多元化經營。

永康糖廠已於幾年前關廠，不再生產。

荒廢到今年始由私人企業承租，目前正在趕建新廠房。

可惜的是原有員工眷舍前的漂亮小公園，原本綠意盎然、風景怡人，

但是到如今卻仍無法恢復昔日清靜幽雃的美麗風光。

據說糖廠大煙囪底下有一座蔣公（蔣允君）堤碑，

已經屹立了兩百多年，是台南縣境內最大最美的石碑。