隨著鄭氏在台灣推廣漢文化的進行，明末清初，一批明朝遺臣也流亡到台灣，在致力於“文化拓墾”的同時，吟詩唱和，著書立說，寫出具有台灣特色的第一批文學作品，並且成立台灣歷史上第一個文化社團──“福臺新詠”詩社。大陸名儒、賢士的到來和從事的文化拓墾活動，使得台灣文風漸開，提高了台灣社會崇尚文化的風氣和台灣地區的文化水準，縮短了台灣與大陸在文化上的差距。
康熙統一台灣後，為鞏固、完善清朝的統治，對台灣的文化教育也十分重視。到清代，已經在台灣建立起完整的統治機構，形成現代行政區劃。在清朝時期，在民間流行著“三年官，兩年滿”的說法，說的是許多清朝駐臺官吏三年一換，他們無心問政，只知官兵勾結、官匪勾結，欺壓百姓，撈取民脂民膏，把任職台灣當作搜刮飽囊的過境之處，台灣成為貪官污吏的集散地。在民間還流行著“一隻牛兩層皮”的說法，說的是農民既要受“小租戶”的剝削，又要受“大租戶”和當局的剝削，田賦丁稅十分繁重，因此在台灣形成“三年一小反，五年一大亂”的說法，在清朝統治台灣的212年，大大小小民變事件發生116次。其中發生於康熙60年（1721年）的朱一貴起義、乾隆51年（1786年）的林爽文起義、同治元年（1862年）的戴潮春起義，則是規模較大的起義。但是，也正是在清代時期，統治集團為了維護在台灣的統治和開發全台灣，在台灣開始完整、系統地實施文化、倫理教育，宣傳統治階級的主流思想意識，推廣文化知識。
清治台灣期間，為移植漢文化、宣傳漢文化作過巨大努力，也取得相當成功，為中華傳統文化廣植台灣人民中間起到歷史性的作用。阿里山裏有一座“吳鳳廟”，記載的是一位清政府的下層官吏、“阿里山通事”吳鳳，因為力戒當地盛行的獵取人頭的殘忍風俗，革除舊弊，倡導先進文化，不惜以自己的生命而喚醒當地民眾的良知而取消獵頭惡習。
從中可以看出，大陸帶來的先進文化思想對改變台灣民間的落後風氣起到了不小的作用。清朝統治台灣的200餘年，也成為台灣漢文化的發展期和成熟期，為以後的歷史演變奠定了深厚的文化基礎。
清朝統治台灣期間，台灣的教育得到了相當規模的發展。自鄭經在台南建立第一座孔廟後，隨著社會的發展，為紀念這位中國傳統文化的代表人物孔子和宣揚四書五經，在台灣一些經濟文化發達地區均建有孔廟。清代開辦的官辦最高學府－－“儒學”就設在各府、州的孔廟內。
清朝台灣知府蔣毓英於1684年，在台南府城東安坊、高雄左營等地，創辦官辦學校“社學”，後來成為文人結社集會的場所。
台灣還有另外一類像台北士林文昌祠、台北板橋的枋橋大觀“義學”那樣的學校。義學專收貧寒家庭的兒童、少年入學，不收學費，初為官辦，後由民間捐資主辦。文昌祠、大觀義學則是台北當時小有名氣的義學。
隨著社會、經濟的發展，台灣的民間學校也興辦起來，在臺被稱為“民學”。民學純屬私立，也就是“私塾”、“書房”、“學堂”，大多招收富家兒童入學，學習時間不固定，由各人需要而定。
島內“書院“也很盛行。在台南市，1683年（康熙22年）施瑯開辦第一所書院－－“西定坊書院”；1704年又出現規模完善的“崇文書院”。此類學校為公有私辦，到光緒年間台灣共創辦了44所規模不等的書院。
當時還有一類特殊的學校，即“土番義學”，這是專門設立在平埔族（熟番）地區的“社學”，專收平埔族和高山族兒童入學，由漢人執教。土番義學在雍正年間多達50多所，漢字、漢語、漢文化在高山族中廣泛流行，有力地促進高山族各族群文化的發展，也推動漢人和高山族的融合。同樣，漢文化的推行和學校相對增加，對平埔族的“漢化”產生很大的作用。
台灣漢文化的傳播和文化素質的提高，增加了中華文化的內涵，也增加了對大陸治學人士的吸引力，大陸的思想理論、文學藝術也傳入台灣，廣泛傳播。台灣本身也出現一批藝苑群星。如主修方志出名的高拱乾、劉良璧、周鐘瑄等；以詩文著稱的陳鵬南、陳維英、鄭用錫、吳德功、吳子光等；大陸來臺的季麒光、鬱永河、藍鼎元、姚瑩、林鶴年等。他們既成為台灣文化的創導者，也豐富了中華文化。
台灣設省後，第一任巡撫劉銘傳較為重視教育。於1887年在台北大稻埕創辦台灣第一座西學堂。他在任內大力提倡新式教育，創辦現代化的學校，聘請西方人教授外語、數理化、史地、測繪、製造等現代科技理論和知識，由此台灣教育邁入現代化時期。
在中國近代經濟發展史上，台灣成為全國經濟發展最先進的省區之一。特別是在大陸很多較難實行的洋務，在台灣得以實現，其中一個原因是因為台灣的教育和文化較為發達，民眾文化素質較高，思想、觀念也較大陸開明，因而成為經濟發展的動力。
