海神廟的興建是沈葆楨來台處理日本入侵牡丹社事件，他有感於海神協助而奏請朝廷興建，後又陸續增建蓬壺書院、文昌閣、五子祠等建築。日據時期，赤嵌樓充當陸軍衛戍病院，蓬壺書院因地震多半倒塌僅剩大門，五子祠也因颱風的侵襲而損毀，只留下文昌閣與海神廟。

「龍生九子」是古人的傳說，傳說龍生九子不成龍，九龍子性情各異，各有所好。九子就是霸下、螭吻、蒲牢、憲章、饕餮、蚣蝮、睚眥、狻猊、椒圖。常在宮殿、廟宇或是畫稿、建築、家具、衣料等器物上，見到牠們的蹤跡吧！

目前赤崁樓的陳列室只有三間，除了圖片、模型、說明文外，別無他物。

海神廟一樓的兩邊牆壁上展示清代統治臺灣之圖片，並陳列了古代臺灣與

內地海上交通模型圖、臺灣大陸古今地形變化模型圖，以及早期大型船隻

模型，有漢族樓船、廣船、南京船、蒙衝船等。

文昌閣一樓除了陳列普羅民遮城復建模型外，展覽櫃內設置了許多說明文字，有赤崁樓史略

、古物介紹圖說、臺灣古地圖、鄭成功光復臺灣與荷締約條款書等有關館史、荷據、明鄭等

時代之文物資料。二樓中，典祀魁星，說明文有清代臺灣科舉與臺南名進士簡介，並書文人

雅士登樓題詩之遺蹟。

另外，赤崁樓現展存於室外樓間之石雕、古物及古蹟有十七種：
(一) 石象：清道光年間臺邑紳士吳尚新墓前之石刻，現置園中拱門兩側。

(二) 石欄石獅：清光緒十二年，沈受謙建文昌閣，同時置石獅十二於石欄上，現仍在原位。

(三) 縣署石鼓：縣署為清乾隆十五年知縣魯鼎栴所建，石鼓成於是時，現置海神廟前庭。

(四) 技勇石：清代考選武童用物，私家練武亦用之。該園現存四件，與石駝同列。

(五) 石栳：清代商郊所用之標準容量器。該園現存二件，與石駝同列。

(六)石臼：清乾隆四十二年，軍工廠鼎建時所置，為擣製油灰之用具。現與石駝同列。

(七) 海神廟：清光緒四年臺灣知縣潘慶辰起造。

(八) 蓬壺書院門廳：清光緒十二年臺灣知縣沈受謙建置。

(九) 文昌閣：亦為清光緒十二年沈受謙建置。

(十) 普羅民遮城堡門：荷蘭人於明永曆七年所建舊城之堡門，年久湮沒，至民國三十一年重修赤崁樓拆除大士殿時，始被發現。位於文昌閣西側臺基下，其拱門及門內上樓石級遺跡仍存。

(十一) 普羅民遮城東北稜堡殘跡：荷蘭人於明永曆七年所建舊城之一部，清光緒十二年，其臺基上建置五子祠，祠毀之後，經過發掘，乃現此稜堡殘跡，其城壁堅厚，可見舊堡之一斑。

(十二) 普羅民遮城古井：荷蘭人建城時所鑿之古井（現存於文昌閣與海神廟之間），相傳有隧道與安平古堡相通，或係謠傳。

(十三) 文昌祠壯北石獅：文昌祠建於清康熙年間，石獅成於是時，祠已圯毀，石獅現置該園民族路大門兩側。

(十四) 石龜御碑贔：清乾隆五十一年林爽文之變，清將福康安率軍來臺鎮壓；事平，乾隆賜旌功御碑九座，其中四座滿文，四座漢文，一座滿漢文合刻，現置海神廟臺基南側。

(十五) 石馬：原是臺南縣永康鄉洲仔尾前清雲騎尉鄭其仁墓前石彫，現置文昌閣臺基下，普羅民遮城舊堡門之前。

(十六) 石碑：該園收藏石碑頗多，總計二十餘件，有營造畫、禁令、修橋、造路、旌表、墓道、修祠廟等碑記。現置海神、文昌兩樓臺西側壁成列。

(十七) 石駝：清代官定及商郊所有之標準重量石，該園現存十餘件，置文昌、海神兩樓臺基前走道之側成列。

赤崁樓是台南市最著名的古蹟與精神象徵。

        西元一六五三年，中國明永曆七年，荷蘭人在此興建『普羅民遮城』，漢人則以『赤崁樓』、『番仔樓』或『紅毛樓』來稱呼它。

        赤崁樓歷經明鄭、清朝，以致日據時期的變遷，至今仍為一座風雅優美、層次豐富的建築。散佈庭園中的各式碑碣、石馬、石駝、技勇石。以及滿漢文並列的九座贔屭御碑，是光復後陸續移入的文物，猶如一座戶外博物館。赤崁樓的葉景，也是值得觀光客前往一遊的勝景。