十八世紀中葉乾隆年間,八里乃一繁榮港口，當時有十三家船頭行集市於此，因此地名叫「十三行」。後來因港口的沒落已成一沙丘，面積約四平方公里，地下埋有豐富的史前文化遺物。一九五七年( 民國四十六年) 十一月，由台大考古學教授林朝棨發現，並和考古學系學生作了短期試掘，將此區文化稱之為「十三行文化」，據鑑定約為2300年前，屬平埔凱達格蘭族文化系統。

目前已挖到史前遺物相當豐富，包括唐末的中國錢幣、來自台東的黃金，以及玉器、石器、金屬品、玻璃製品、骨製品、生態遺留、和最珍貴的十三處墓葬，除了陪葬品外，所見的葬式有側身屈肢葬及直肢葬兩種葬式，並且有相當罕見之無頭葬。

從十三行遺址的遺物和埋葬方式加以分析,學者認為十三行文化人的生活情形為: 經濟上過著以種植稻米等穀類作物為主,但捕魚、採貝和狩獵仍然是重要的生活方式; 在精神生活方面，已有宗教信仰; 社會上有貧富貴賤之別; 政治上有部落聯盟; 對外關係上與中國大陸、東南亞及島內其他族群有所往來。

特別是一九九一年( 民國八十年) 七月又挖到一座煉鐵坊，這種代表進入鐵器時代的證物，在東南亞還是第一次發現。證明平埔有很高的文化，台灣並不是漢人來了才有文化，這是史前平埔文化類型在台北地區唯一僅存的代表遺址。因此，遺址未經分析研究和記錄就遭受破壞，將是台灣史前文化的重大損失，唯有透過這個遺址的資料，才能獲得更多的瞭解。

十三行遺址所反映的文化內涵，與華南地區有相當深厚的關係。這個遺址豐富的遺留，對於華南、台灣、甚至東南亞族群互動關係的瞭解，都有相當的重要性。而且，十三行遺址的下限年代（400年前），可視為探討漢人和原住民關係的重要資料。

救援十三行遺址並不是反對污水廠的興建，而是認為有2300年的歷史，代表已斷絕的平埔文化的無價之寶，不能因為科員失職、無文化常識而白白淪喪，而且歷史只有一次，古蹟無法再生，因此主張施工單位變更工程設計，留下歷史。