目前赤崁樓的陳列室只有三間，除了圖片、模型、說明文外，別無他物。

海神廟一樓的兩邊牆壁上展示清代統治臺灣之圖片，並陳列了古代臺灣與

內地海上交通模型圖、臺灣大陸古今地形變化模型圖，以及早期大型船隻

模型，有漢族樓船、廣船、南京船、蒙衝船等。

文昌閣一樓除了陳列普羅民遮城復建模型外，展覽櫃內設置了許多說明文字，有赤崁樓史略

、古物介紹圖說、臺灣古地圖、鄭成功光復臺灣與荷締約條款書等有關館史、荷據、明鄭等

時代之文物資料。二樓中，典祀魁星，說明文有清代臺灣科舉與臺南名進士簡介，並書文人

雅士登樓題詩之遺蹟。

另外，赤崁樓現展存於室外樓間之石雕、古物及古蹟有十七種：
(一) 石象：清道光年間臺邑紳士吳尚新墓前之石刻，現置園中拱門兩側。

(二) 石欄石獅：清光緒十二年，沈受謙建文昌閣，同時置石獅十二於石欄上，現仍在原位。

(三) 縣署石鼓：縣署為清乾隆十五年知縣魯鼎栴所建，石鼓成於是時，現置海神廟前庭。

(四) 技勇石：清代考選武童用物，私家練武亦用之。該園現存四件，與石駝同列。

(五) 石栳：清代商郊所用之標準容量器。該園現存二件，與石駝同列。

(六)石臼：清乾隆四十二年，軍工廠鼎建時所置，為擣製油灰之用具。現與石駝同列。

(七) 海神廟：清光緒四年臺灣知縣潘慶辰起造。

(八) 蓬壺書院門廳：清光緒十二年臺灣知縣沈受謙建置。

(九) 文昌閣：亦為清光緒十二年沈受謙建置。

(十) 普羅民遮城堡門：荷蘭人於明永曆七年所建舊城之堡門，年久湮沒，至民國三十一年重修赤崁樓拆除大士殿時，始被發現。位於文昌閣西側臺基下，其拱門及門內上樓石級遺跡仍存。

(十一) 普羅民遮城東北稜堡殘跡：荷蘭人於明永曆七年所建舊城之一部，清光緒十二年，其臺基上建置五子祠，祠毀之後，經過發掘，乃現此稜堡殘跡，其城壁堅厚，可見舊堡之一斑。

(十二) 普羅民遮城古井：荷蘭人建城時所鑿之古井（現存於文昌閣與海神廟之間），相傳有隧道與安平古堡相通，或係謠傳。

(十三) 文昌祠壯北石獅：文昌祠建於清康熙年間，石獅成於是時，祠已圯毀，石獅現置該園民族路大門兩側。

(十四) 石龜御碑贔：清乾隆五十一年林爽文之變，清將福康安率軍來臺鎮壓；事平，乾隆賜旌功御碑九座，其中四座滿文，四座漢文，一座滿漢文合刻，現置海神廟臺基南側。

(十五) 石馬：原是臺南縣永康鄉洲仔尾前清雲騎尉鄭其仁墓前石彫，現置文昌閣臺基下，普羅民遮城舊堡門之前。

(十六) 石碑：該園收藏石碑頗多，總計二十餘件，有營造畫、禁令、修橋、造路、旌表、墓道、修祠廟等碑記。現置海神、文昌兩樓臺西側壁成列。

(十七) 石駝：清代官定及商郊所有之標準重量石，該園現存十餘件，置文昌、海神兩樓臺基前走道之側成列。