延平郡王祠中珍貴文物豐富，尤其為數眾多的清代楹聯，包括原廟創建者沈葆楨手書，筆力雄渾、意義雋永，仍極具歷史價值。 位於祠旁的「民族文物館」收藏著許多台南文物：1樓主要陳列史前文物，說明台灣與大陸的地緣關係，及先民生活的演進過程。

　　2樓所展覽的多為台南歷史文物，包括與府城相關的先賢，例如鄭成功、沈葆楨等人的畫像或遺墨。此外，舊日府城的日常生活用品，如街牌、眠床、地契、銀票等均有陳列，讓人深入了解先人生活起居狀況，十分值得一遊。